Perioada de incubaţie este cuprinsă între 1 şi 14 zile dar cele mai multe simptome apar în primele 3 - 4 zile de la infectare. Infecţia lăsată netratată este extrem de periculoasă având de foarte multe ori ca rezultat infertilitatea. Uneori infecţia se poate disemina în sânge şi afecta şi alte zone ale organismului.
La bărbat are drept consecinţe infecţia epididimului (epididimita), abces uretral, strâmtorarea uretrei şi infertilitate prin deteriorarea epididimului.
La femeie infecţia se propagă ascendent, zonele cel mai des şi cel mai grav afectate fiind trompele uterine, având drep consecinţă infertilitatea în aproape 20 % din cazuri. Gonococul deteriorează trompele uterine provocând obstrucţii tubare iar din această cauză probabilitatea apariţiei unei sarcini extreuterine creşte extrem de mult.
În cazul existenţei unei sarcini există riscul de infectare a lichidului amniotic. De asemenea infecţia poate fi transmisă, la naştere, fătului. În lipsa unui tratament imediat şi eficient copilul poate orbi.