La bărbat se manifestă sub forma unei uretrite, cel mai frecvent, senzaţie de arsură şi durere, dificultate la micţiune sau sub forma unei prostatite sau epididimite. Nu puţine sunt cazurile de purtători sănătoşi. Fără tratament corespunzător, se pot instala complicaţiile: epididimită, prostatită, rectită, sindromul Reiter (uretrită, conjunctivită, artrită şi leziuni cutanate caracteristice), conjunctivită chlamidiană.
La femeie infecţia genitală cu chlamidia trachomatis trece deseori neobservată, primele simptome apărând abia în perioada complicaţiilor. În 75 % din cazuri perioada de incubaţie este imposibil de stabilit. Se poate manifesta ca vulvovaginită acută, uretrită, cervicită mucopurulentă, forme asimptomatice şi rectită chlamidiană. Neglijate sau incorect tratate, infecţiile chlamidiene duc la complicaţii de tipul bartholinitelor, endometritelor, salpingitelor, perihepatitelor etc.